Bộ máy điều hành tối cao của Ngân hàng Nhân dân Trung Quốc gồm Thống đốc và một số phó thống đốc. Vị trí thống đốc được bổ nhiệm hay bãi nhiệm bởi Chủ tịch nước. Ứng viên vào vị trí thống đốc được đề xuất bởi Thủ tướng và phê chuẩn bởi Quốc hội. Khi Quốc hội không tổ chức kỳ họp, Ủy ban thường vụ Quốc hội sẽ phê chuẩn việc bổ nhiệm này. Các phó thống đốc do Thủ tướng bổ nhiệm hoặc bãi nhiệm.

Ngân hàng trung ương Trung Quốc áp dụng hệ thống trách nhiệm tập trung của thống đốc, theo đó thống đốc quản lý công việc chung của toàn ngân hàng, các phó thống đốc trợ giúp thống đốc hoàn thành trách nhiệm.